Vielen Dank für die Rückmeldung.
Zum Vorgehen, würde ich jetzt dann folgende Schritte mit folgenden Tools durchführen.
- laufende Buchhaltung mit Kontolino
- abschließende Buchungen (Vorsteuer-Umbuchen, Abschreibungen…) mit Kontolino
- Handelsbilanz erstellen mit Kontolino
- Steuerbilanz vrs. 1:1 von Handelsbilanz übernehmen (da keine abw. Abschreibungen, …) sowie übermitteln mit eBilanz+
- Körperschaftssteuer (Formulare KST1, GK mit Z81/84 für die gezahlten KSt und GSteuern, WA, ZVE) ermitteln mit Elster
- Gewerbesteuer (Formulare GewSt1 - mit Gewinn aus ZVE) ermitteln mit Elster
- Jahresumsatzsteuererklärung (+ entsprechende Voranmeldungen) mit Kontolino
- Lohnsteuer mit irgendeinem Kontolino-kompatiblen Tool (Quick-Lohn,…)
- Bundesanzeigermeldung mit eBilanz+ & Publikationsplattform
für einfache/kostengünstige Tools insb. für die Körperschaftssteuer / Gewerbesteuer oder Lohn&Gehalt bin ich immer dankbar 
wenn irgendwas vergessen sein sollte oder ergänzt/verbessert werden kann, bitte kurz anmerken.